Dnešný kostol stojí na mieste, kde sa predtým nachádzala drevená zvonica.
Jej schátraný stav vyžadoval opravu, ale občania prejavili želanie namiesto zvonice postaviť kostolík. Do spolku pre postavenie kaplnky v Babiciach sa na ustanovujúcej schôdzi 27. decembra 1895 prihlásilo 45 členov. Obec na stavbu kaplnky darovala pozemok. Základný kameň bol posvätený v deň narodenín cisára Františka Jozefa I. na pamiatku päťdesiatročného výročia jeho vlády – 18. augusta 1898.
Projekt a stavbu vykonával architekt Feya z Uh. Hradište. Oltár zhotovila firma Zeller z Viedne. Sochy sv. Cyrila a Metoda, ktorým je kostol zasvätený, zhotovil pán Lahola, rodák z Babíc. Zvony vo veži boli pôvodne dva. Jeden niesol meno Panny Márie a druhý sv. Antonína. V 1. svetovej vojne úrady zabavili väčší zvon na vojenské účely. Nový zvon bol zhotovený až v roku 1969 s nápisom: "Cyrilova ruka ukazuje cestu, Cyrilův hlas zněj za dne i ve snu."
Maľbu v kostole vykonal maliar Rudolf Kubíček z Uh. Hradište. Organy zakúpili slečna Jozefa Kučerová a pán Josef Bartošík. V roku 1972 boli zhotovené vežové hodiny. V osemdesiatych rokoch prešla úpravou fasáda, odstránené z nej boli prvky nazývané lesény. Aj interiér sa dočkal prestavby, došlo k zvýšeniu podlahy v apside, bol zhotovený nový oltár, obetný stôl aj lavica a krížová cesta bola umiestnená do nových rámov. Kríž pred kostolom bol zhotovený rodinou Škrabalovou, na pamiatku vysvätenia kňaza P. Alberta Škrabala.