Dnešní kostel stojí na místě, kde se dříve nacházela dřevěná zvonice.
Její zchátralý stav vyžadoval opravu, ale občané projevili přání místo zvonice postavit kostelík. Do spolku pro postavení kaple v Babicích se na ustavující schůzi 27. prosince 1895 přihlásilo 45 členů. Obec na stavbu kaple darovala pozemek. Základní kámen byl posvěcen v den narozenin císaře Františka Josefa I. na památku padesátého výročí jeho vlády - 18. srpna 1898.
Projekt a stavbu prováděl architekt Feya z Uh. Hradiště. Oltář zhotovila firma Zeller z Vídně. Sochy sv. Cyrila a Metoděje, kterým je kostel zasvěcený, zhotovil pan Lahola, rodák z Babic. Zvony ve věži byly původně dva. Jeden nesl jméno Panny Marie a druhý sv. Antonína. V 1. světové válce úřady zabavily větší zvon pro vojenské účely. Nový zvon byl zhotoven až v roce 1969 s nápisem: "Cyrilova ruka ukazuje cestu, Cyrilův hlas zněj za dně i ve snu."
Malbu v kostele provedl malíř Rudolf Kubíček z Uh. Hradiště. Varhany zakoupili slečna Josefa Kučerová a pan Josef Bartošík. V roce 1972 byly zhotoveny věžové hodiny. V osmdesátých letech prošla úpravou fasáda, odstraněny z ní byly prvky nazývány leseny. I interiér se dočkal přestavby, došlo ke zvýšení podlahy v apsidě, byl zhotoven nový oltář, obětní stůl i lavice a křížová cesta byla umístěna do nových rámů. Kříž před kostelem byl zhotoven rodinou Škrabalovou, na památku vysvěcení kněze P. Alberta Škrabala.